澳门企业计划投资内地时，税务负担往往是其优先考虑的问题。澳门实施简单税制和低税政策，对企业营运收入课征所得补充税；而内地则实行分类所得税制，对不同性质所得项目，分别扣除费用，采用不同税率计税，并按所得性质不同采取差别税率。

澳门所得补充税税率由3%至12%不等，近年更透过年度财政预算案，临时性设立了60万澳门元的免税额，比对内地企业所得税税率25%，澳门税负明显较低。 

为鼓励企业到横琴合作区投资和经营，并优先照顾澳门发展需要和澳门企业的利益，《方案》第十条推出了以下三项具针对性的税务优惠政策：

对合作区符合条件的产业企业减按15% 的税率征收企业所得税，将有利于澳门经济适度多元化发展的产业全部纳入政策范围；

对企业符合条件的资本性支出，允许在支出发生当期一次性税前扣除或加速折旧和摊销；

对在合作区设立的旅游业、现代服务业、高新技术产业企业新增境外直接投资取得的所得，免征企业所得税