香港两地车牌如果不按时进行年检，将会面临以下后果：

取消车辆登记证：根据香港运输署的规定，如果持有两地车牌的车主在牌照满年检内未提交车辆牌照年检，过期不处理的情况下，将会取消香港车辆登记证。这意味着车辆将失去合法上路行驶的资格。

罚款和处罚：除了取消车辆登记证外，车主还可能面临罚款和其他处罚措施。具体的罚款金额和处罚方式可能根据具体情况而有所不同，但通常都会给车主带来额外的经济负担。

影响车辆使用：一旦车辆登记证被取消，车主将无法正常使用车辆，包括无法在香港和其他地区合法上路行驶。这将给车主的日常生活和工作带来极大的不便。

法律责任：不按时进行年检的车辆如果发生交通事故，车主可能会承担更大的法律责任。因为未经过年检的车辆可能存在安全隐患，这些隐患可能导致事故的发生或加重事故的严重程度。

因此，为了避免以上后果，车主应该按时进行车辆年检，确保车辆符合道路安全标准，并保持车辆的合法上路行驶资格。同时，车主也应该关注相关的法规和政策变化，及时了解年检的要求和流程。