如果批文卡遗失，需要及时办理补办手续，以避免不必要的麻烦和可能的法律风险。

首先，应尽快到批文的发证单位（如广东省公安厅交通管理局车管所）办理挂失手续，以避免遗失的批文卡被他人恶意使用。

接着，需要准备一系列的材料以进行补办。具体材料可能包括：

批文卡遗失的书面声明，并加盖公司公章，以确保文件的合法性和真实性。

有效期内的公司《商业登记证》和《公司注册证书》。

车辆的登记文件，如从香港入境的，需提交香港特别行政区运输署的《车辆登记文件》；从澳门入境的，需提交澳门特别行政区政府的《汽车所有权登记凭证》及《登记折》。

准备好上述材料后，需要填写并提交《粤港澳机动车辆往来及驾驶人驾车业务申请表》。提交申请后，需要缴纳相关的费用，包括可能的补办费用和车辆年检费等。

之后，提交的材料将进入审核阶段。具体审核时间长度可能因当地公安交通管理部门的工作效率和流程而有所不同。

审核通过后，可以前往指定的地点领取补办的批文卡。请注意，具体的办理流程和要求可能因政策和实际情况的变化而有所不同。在办理之前，建议仔细查阅相关政策规定，并咨询当地交通管理部门或相关机构以获取准确的信息和指导。

此外，领取新的批文卡后，还需要按照相关规定，前往相关部门办理其他必要的手续，如到香港运输署过境服务分组申领《封闭道路通行许可证》，以及到深圳的海关和边检部门办理备案手续等。

，批文卡遗失后，应尽快办理挂失和补办手续，并确保按照相关规定完成后续步骤，以确保合规性和避免不必要的麻烦。