如果香港两地车牌办理后的批文卡丢失，您需要按照以下步骤进行补办：

准备必要材料：您需要准备批文卡遗失的书面声明，并加盖公司公章。此外，还需要提供有效期内的公司《商业登记证》和《公司注册证书》，以及车辆在香港的登记文件。

前往广东省公安厅交通管理局车管所：您需要携带上述材料，前往广东省公安厅交通管理局车管所办理补领手续。请注意，此手续只能在该车管所进行。

提交材料并等待审核：在车管所，您需要提交所有准备好的材料，并等待工作人员审核。审核通过后，您将需要支付一定的补办费用。

等待补办完成：一般来说，补办批文卡需要一定的时间，具体时长可能会因地区和情况的不同而有所差异。在等待期间，请保持联系方式畅通，以便车管所能够及时与您联系。

需要注意的是，批文卡对于中港两地车牌来说非常重要，它相当于车牌的身份证。丢失批文卡不仅会影响到通关，还可能影响到年检等正常业务办理。因此，一旦发现批文卡丢失，建议尽快补办，以避免可能的麻烦。

以上信息仅供参考，如有需要，建议您直接联系广东省公安厅交通管理局车管所或相关zhengfubumen进行咨询。